Signe Ratso est diplômée en philologie anglaise puis en commerce et économie mondiale de l’Université de Tartu en Estonie.
Elle débute sa carrière en 1983 comme économiste au sein de l’Institut de la planification de l’Estonie en 1983. En 1987, elle devient économiste principale pour le département des relations économiques extérieures du même institut. Suite à l’indépendance de l’Estonie, elle rejoint le ministère des Affaires économiques de l’Estonie en tant que chef de la division de la politique commerciale, puis comme secrétaire générale adjointe en 1994. De 1996 à 2002, elle est secrétaire générale adjointe pour l’intégration au sein de l’Union européenne et pour la coopération internationale.
Elle rejoint ensuite directement la Commission européenne en 2006, où elle occupera plusieurs postes. Elle débute en tant que conseillère principale, puis devient directrice pour l’OMC, l’OCDE et les secteurs alimentaires en 2011. Après un bref passage comme directrice de l’accès au marché et de l’industrie, elle occupe de 2011 à 2018 la fonction de directrice pour la stratégie commerciale, l’analyse et l’accès au marché. C’est depuis mars 2018 qu’elle est directrice générale adjointe, recherche et innovation de la Commission européenne.